近年來雖然全世界海水淡化產業發展很快，但我國社會各界對海水淡化的重要性還存在誤區，尤其在解決沿海地區和海島水資源短缺問題方麵對海水淡化的重要性認識尚淺，社會上普遍認為海水淡化是一種高成本的科研新技術，對海水淡化水作為飲用水、海水淡化濃鹽水對環境的影響等問題還存在著疑慮，對福州海水淡化作為優化水資源配置的重要措施缺乏科學判斷和認同感。

　　管理問題

　　目前分管水資源、海水淡化及新興產業的水利部、海洋局、發改委等政府主管部門之間在海水淡化各個環節職責分工不夠清晰，部門之間沒有很好的銜接，致使各級水行政主管部門未能充分履行和發揮其在海水淡化與管理過程中應有的職責和作用。此外，由於體製和條塊分割等問題，水行政主管部門也未參與海水淡化工程的建設計劃全過程，致使海水淡化工程未能充分實現其利用效率和效益。

　　研發資金投入不足，缺乏公共的科研和創新平台。我國海水淡化技術是在國家重點攻關項目和政府支持下推動發展起來的，與技術先進的國家相比，研發資金投入相對較少。